Phân loại dưới đây lấy theo Meylan & Ganko, 1988 (sửa đổi theo Meylan & Ganko, 1997 và Meylan, 2001) và Anquetin, Barrett, Jones, Moore-Fay & Evans, 2009.[3] Khi hiểu Testudines Linnaeus, 1758 (không Batsch, 1788) sensu Lee, 1996 (tương đương với Rhaptochelydia Gaffney & Kitching, 1994 như ở dưới đây) thì bộ này được chia thành các phân bộ và chi riêng lẻ như sau:
CHELONIA Macartney, 1802 = Testudinata sensu Zardoya & Meyer, 2001:
†Odontochelys
†Australochelys
Rhaptochelydia Gaffney & Kitching, 1994 = Testudines Linnaeus, 1758 [không Batsch, 1788] sensu Lee, 1996.
†Chinlechelys
†Proganochelys (= Proganochelyidae/Proganochelydia)
?†Palaeochersis - đặt vào đây không chắc chắn.
?†Condorchelys - đặt vào đây không chắc chắn.
?†Eileanchelys - đặt vào đây không chắc chắn.
?†Hackerochelys - đặt vào đây không chắc chắn.
Casichelyidia Gaffney, 1975 (tương đương với Testudinata Klein, 1760 (không Linnaeus, 1758) sensu Lee, 1997)
Cryptodira Cope, 1864 (fide Gaffney & Maylan, 1988)
Pleurodira Dumeril & Bibron, 1835 [không Cope, 1871]
Gaffney & Kitching, 1994 chia Chelonia ra như sau:
† Australochelidae
†Australochelys
Rhaptochelydia
†Proganochelydia
†Proganochelyidae
†Proganochelys
Casichelyidia
Cryptodira
Pleurodira
Trong khi đó, một số tác giả khác như Sterli (2008); Li, Wu, Rieppel, Wang, Zhao (2008); Anquetin, Barrett, Jones, Moore-Fay, Evans (2009) và Joyce, Lucas, Scheyer, Heckert, Hunt (2009) nói chung lại chia Testudinata ra thành một vài chi tuyệt chủng ở nhóm thân cây và Testudines là nhóm chỏm cây. Cụ thể xem sơ đồ cây phát sinh chủng loài tại Mikko's Phylogeny Archive.[4]