Cuộc họp khẩn do thanh tra Chaki chủ trì với sự góp mặt của các thanh tra cảnh sát cao cấp nhằm giải mã thư cảnh báo của siêu đạo chích Kid và ngăn chặn vụ trộm của hắn. Imperial Easter Egg (Trứng phục sinh) là món đồ nghệ thuật mà Sa hoàng Nga Nikolai II đặt nghệ nhân Faberge tạo ra để làm quà tặng cho hoàng hậu nhân lễ phục sinh. Không chỉ Kid mà rất nhiều nhân vật tham gia vào vụ này, Hoshi Seiran, nhà nghiên cứu vương triều Romanov, ông Inui, nhà buôn đồ cổ, ông Sergei Ovchinikov- bí thư thứ nhất đại sứ quán Nga, anh Sagawa Ryu – nhiếp ảnh gia tự do…Một lần nữa Hattori và Conan lại đụng độ cùng giải mã bí ẩn của Kid và báu vật có 1 không hai. Kid với những trò phù thủy của mình lại biến mất trong quá trinh truy đuổi. Một kẻ bí ẩn đã ra tay? Kẻ đó là ai? Kid có thực sự chết? Lâu đài Yokusuka có vẻ như là nơi giả câu đố về báu vật. Mọi người đã cùng lên thuyền tới nơi đó? Những nguy hiểm nào đang chờ đợi họ?!
Trên thuyền thanh tra Shiratori đã nhận thấy những hành động thông minh và chính xác của Conan, anh bí mật dõi theo cậu. Bí mật về báu vật Imperial Egg,, món quà mà Sa Hoàng Nga đặt nghệ nhân Fergie tạo ra để làm quà tặng cho hoàng hậu nhân lễ phục sinh dần hé lộ. Nhưng khi bí mật được hé lộ thì những cái chết không báo trước cứ ập đến. Đầu tiên là Sagawa bị sát hại trên thuyền. Trong lâu đài, nơi cất giữ quả trứng mà Conan nghi là quả thứ hai, họ tìm thấy đường hầm dẫn đến mộ của chủ lâu đài. Quả trứng thứ 2 lại là vỏ của quả đang tồn tại. Khi được đặt vào bệ có ánh sáng, Trứng Ký Ức hiện lõi bên trong, vài giây sau thì tỏa sáng hiện ra ảnh Sa hoàng Nikolai II cùng gia đình. Bỗng một tiếng súng làm họ giật mình. Quả trứng lại bị Scorpion đánh cắp. Và Scorpion chính là Hoshi Seiran. Thực ra Seiran không phải là người Trung Quốc mà là người Nga. Cái tên Trung Quốc Pusu Chinran lái lại thành Rasputin. Và có thể suy ra Seiran chính là hậu duệ của Grigori Yefimovich Rasputin. Sau khi lãnh cú đá của Conan, Seiran bất tỉnh và bị bắt.
Cuối phim tiết lộ rằng sau phát đạn của Seiran, Kid không những không chết mà còn giả trang thành Shiratori. Sau đó Kid đến văn phòng thám tử Mori trong hình hài Shinichi để giữ bí mật cho cậu, qua đó cho thấy Kid đã biết danh tính thật của Conan chính là Shinichi.
