Trên thế gian, đứng đầu là thần, mang theo sức mạnh sáng thế, vạn năm khó gặp. Câu chuyện bắt đầu tại một thôn làng nhỏ tại Thục quốc tên Hoa Liên, 16 năm trước, có một ngôi sao chổi sa xuống ngôi nhà gỗ của Hoa tú tài ngay lúc phu nhân hạ sinh một bé gái. Thục Sơn chưởng môn lúc ấy là Thanh Hư đạo trưởng phát hiện dị tượng đã tức tốc đến thôn Hoa Liên, chứng kiến một mùi hương lạ vởn khắp nơi, hoa cỏ đang nở rộ bỗng chốc héo tàn hết thảy, lại thấy Hoa phu nhân vì khó sinh mà mất, đoán được vận mệnh đáng sợ của đứa bé mới ra đời bèn lập kết giới quanh nhà Hoa tú tài ngăn yêu ma vì mùi hương mà ám hại đứa trẻ, đặt tên đứa trẻ là Hoa Thiên Cốt, đồng thời dặn Hoa tú tài sau này khi nàng 16 tuổi thì cho lên Thục Sơn bái sư học nghệ.
16 năm trôi qua, Hoa Thiên Cốt lớn lên trong sự ghẻ lạnh của dân làng, thậm chí khi cha nàng lâm bệnh nặng sắp chết, dân làng đòi phóng hỏa thiêu rụi cả hai cha con. Trường Lưu thượng tiên Bạch Tử Họa trong thời gian thử thách kế nhiệm chức chưởng môn đã xuất hiện trước Hoa Thiên Cốt với thân phận Mặc Băng, đã giúp nàng vượt qua nỗi đau mất cha rồi bỏ đi không từ biệt. Thể theo lời dặn của cha và mong muốn gặp lại Mặc đại ca, Hoa Thiên Cốt lên đường đến Thục Sơn bái sư học nghệ. Trên đường đi, nàng làm quen với chàng thư sinh Đông Phương Úc Khanh thông kim bác cổ và có được một con linh trùng cực kì đáng yêu tên là Đường Bảo. Với sự giúp đỡ của Dị Hủ Quân, nàng cuối cùng cũng đến được Thục Sơn để rồi chứng kiến cảnh tượng cả môn phái bị tàn sát. Thanh Hư đạo trưởng trước lúc lâm chung trao lại cung vũ, ấn tín chưởng môn và bí tịch lại cho Hoa Thiên Cốt, dặn dò nàng đi tìm Trường Lưu thượng tiên Bạch Tử Họa để thông báo một trong Thập phương thần khí là Thuyên Thiên Luyện đã bị Thất Sát điện cướp đi. Trải bao khó khăn gian khổ, Hoa Thiên Cốt cũng gặp được Bạch Tử Họa và cố gắng thi đỗ vào Trường Lưu Sơn, trở thành đệ tử Trường Lưu, quen biết thêm nhiều người bạn mới như Nghê Mạn Thiên, Khinh Thủy, Sóc Phong, Lạc Thập Nhất, Mạnh Huyền Lãng,...
Trong thời gian Hoa Thiên Cốt học tập tại Trường Lưu Sơn, đại đệ tử của Thục Sơn là Vân Ẩn đã xin Bạch Tử Họa cho phép nàng về Thục Sơn nhậm chức chưởng môn, vực dậy môn phái. Được Tôn thượng tặng cho Đoạn Niệm kiếm và chỉ dạy thuật ngự kiếm, Vân Ẩn hướng dẫn Thục Sơn kiếm pháp, Đông Phương Úc Khanh giúp đỡ về sách lược, Hoa Thiên Cốt đã thống lĩnh Thục Sơn tiến hành đại lễ, chống lại sự phá hoại của Thất Sát và phản đồ Vân Ế, ngoài ra còn quen biết với Sát Thiên Mạch, Thánh quân của Thất Sát điện. Sau khi trở về, Hoa Thiên Cốt tham gia Tiên Kiếm đại hội, vào đến trận cuối cùng với Nghê Mạn Thiên. Dù thua cuộc, nàng vẫn được Bạch Tử Họa nhận làm đồ đệ, trao cung linh, chính thức trở thành đệ tử của chưởng môn, sống với Bạch Tử Họa tại Tuyệt tình điện. Điều này mang lại niềm vui lớn cho Hoa Thiên Cốt, đồng thời lại khiến cho Nghê Mạn Thiên trở mặt thành thù với nàng, gây ra nhiều tai họa sau này.
Những ngày tháng sống cùng với Bạch Tử Họa là khoảng thời gian đẹp nhất đời Hoa Thiên Cốt. Ngày ngày luyện kiếm, đánh đàn, nấu cơm, chơi đùa, vui vẻ bên sư phụ đã khiến cho Tiểu Cốt dần nảy sinh tình yêu với Bạch Tử Họa. Cho đến sau trận chiến Thái Bạch Sơn, trước lời buộc tội của Tử Huân thượng tiên, nàng mới nhận ra mình đã động tình với sư phụ. Tiểu Cốt cố gắng giấu đi sự thực tàn nhẫn này khiến cho Bạch Tử Họa lo lắng, bèn đưa nàng đi ngao du sơn thủy để nàng bình tâm trở lại. Trong cuộc hành trình này, Hoa Thiên Cốt biết được ân nhân Mặc Băng mà mình bấy lâu tìm kiếm là sư phụ mình, đồng thời còn biết được bản thân chính là sinh tử kiếp của Bạch Tử Họa.
Tử Huân lúc này đã trở thành đọa tiên vì chấp niệm quá sâu với Bạch Tử Họa, đã câu kết với Thất Sát cướp Bốc Nguyên đỉnh, tạo ảo cảnh để giết Hoa Thiên Cốt. Vì cứu Tiểu Cốt, Bạch Tử Họa liều mình, sau đó trúng độc của Bốc Nguyên đỉnh mà không có thuốc giải, chất độc ăn mòn đến mức máu của Hoa Thiên Cốt chỉ có thể tạm thời xua đi độc tính. Biết được thần khí Viêm Thủy ngọc đang mất tích có thể giải độc cho sư phụ, Hoa Thiên Cốt lén lên đường cùng Sóc Phong thu thập Thập phương thần khí. Trên đường đi, Hoa Thiên Cốt bị vu oan cho cái chết của Bồng Lai chưởng môn Nghê Thiên Trượng, cha của Nghê Mạn Thiên, khiến cho Nghê Mạn Thiên trở thành kẻ thù không đội trời chung với Hoa Thiên Cốt. Đến khi tập hợp đủ Thập phương thần khí, Sóc Phong biến mất, trở về làm một mảnh của Viêm Thủy ngọc. Sau khi giải độc cho Bạch Tử Họa, vì nôn nóng cứu Sóc Phong, Hoa Thiên Cốt bị Thiền Xuân Thu lừa giải phong ấn cuối cùng, thả Yêu Thần xuất thế. Đồng thời, ngay lúc này, nàng cũng biết được mình chính là hậu nhân của nữ Oa - vị thần cuối cùng trên thế giới. Để cứu vãn tình hình, nàng nhảy vào khư động, gặp Nam Huyền Nguyệt, nuôi dạy thằng bé cho đến khi bị Bạch Tử Họa xông vào, vô tình nhận được Hồng hoang chi lực rồi bị bắt về Trường Lưu Sơn xét xử.
Trở về Trường Lưu Sơn, Hoa Thiên Cốt bị Tam Tôn tra hỏi về việc tại sao lại tập hợp Thập phương thần khí, thả Yêu thần. Đông Phương Úc Khanh dùng thuật chú của Dị Hủ các, điều khiển nàng để nàng nói ra mình làm là để cứu sư phụ, nhưng nàng khống chế được và tự cắn đứt lưỡi mình để không phải nói ra. Nàng bị phạt phải lên Tru Tiên trụ chịu 81 Tiêu Hồn đinh. Tuy nhiên, nàng chỉ phải chịu 17 Tiêu Hồn đinh, nhưng đồng thời bị chính sư phụ mình đâm 101 nhát Đoạn Niệm kiếm lên người. Bạch Tử Họa ra lệnh đem giam nàng vào tiên lao, nhưng lại chịu nhận thay nàng 64 Tiêu Hồn đinh còn lại. Trong tiên lao, Hoa Thiên Cốt bị Nghê Mạn Thiên hắt nước Tuyệt Tình trì lên người để chứng tỏ với Thế tôn rằng nàng yêu sư phụ mình, vì vậy nàng bị đày ra Man hoang. Tại đây, nàng gặp Trúc Nhiễm - con trai Thế tôn, là một tội đồ của Trường Lưu cũng bị đày ra Man hoang, mang lòng thù hận cực lớn với Thế tôn vì đã giết chết mẹ mình.
Sát Thiên Mạch sau khi biết tin Hoa Thiên Cốt bị đày ra Man hoang, liền cùng Đông Phương Úc Khanh đi cứu nàng. Tuy rằng hai người đã giải cứu được Hoa Thiên Cốt và cả những người cũng bị giam trong đó ra, nhưng Sát Thiên Mạch bị hủy hoại dung nhan, chìm vào giấc ngủ vĩnh viễn. Hoa Thiên Cốt cùng Đông Phương Úc Khanh lên Trường Lưu giải cứu Nam Huyền Nguyệt, tuy nhiên họ bị phát hiện. Thế tôn liền xuất chưởng giết chết nàng, tuy nhiên Đông Phương Úc Khanh lại nhận thay nàng chưởng đó mà chết. Trước khi chết, Đông Phương nói cho nàng biết mình chính là Các chủ Dị Hủ các Dị Hủ Quân, lâu nay thực ra chỉ lợi dụng cô, nhưng hắn lại không nghĩ rằng chính mình sẽ phải lòng nàng. Bạch Tử Họa đem Hoa Thiên Cốt giam lỏng ở Vân cung, chỉ cho U Nhược - đệ tử đời thứ 128 của Trường Lưu, cũng là đệ tử của Hoa Thiên Cốt do Bạch Tử Họa nhận thay - được vào thăm mỗi ngày một lần. U Nhược được Hoa Thiên Cốt hằngngày dạy kiếm pháp.
Đường Bảo vì việc Hoa Thiên Cốt mất tích mà đau buồn, Lạc Thập Nhất liền đưa con bé đi tìm. Khi tìm ra, họ liền đi báo cho Mạnh Huyền Lãng và Khinh Thủy, nhưng không may Nghê Mạn Thiên biết được, liền đi theo. Nghê Mạn Thiên giết chết Đường Bảo, Hoa Thiên Cốt vô cùng phẫn nộ, liền hóa thành Yêu thần. Lạc Thập Nhất do không chịu nổi việc Đường Bảo chết, cộng thêm yêu lực bộc phát của Hoa Thiên Cốt mà chết. Khinh Thủy quá uất ức, liền nặng lời với Hoa Thiên Cốt và phát điên, lang thang khắp nơi, sau đó được Mạnh Huyền Lãng đón về chăm sóc. Hoa Thiên Cốt bắt Nghê Mạn Thiên và Thế tôn Ma Nghiêm đi, Bạch Tử Họa dùng bản thân mình đánh đổi lấy hai người. Nghê Mạn Thiên trong lúc lấy đi Hồng quang chi lực từ người Hoa Thiên Cốt đã tử vong. Hoa Thiên Cốt thì biết được Bạch Tử Họa cũng yêu mình nhờ vết sẹo trên cánh tay do nước Tuyệt Tình trì hắt vào, nhưng Bạch Tử Họa thà cắt vết sẹo đó đi chứ không thừa nhận mình yêu nàng. Hoa Thiên Cốt tuyệt vọng, tạo ảo cảnh mình đang tàn sát cả phái Trường Lưu để Bạch Tử Họa dùng Mẫn Sinh kiếm kết liễu mình. Ma Nghiêm hối hận khi trông thấy cảnh Bạch Tử Họa phát điên vì Hoa Thiên Cốt, liền dùng mạng sống của mình để hồi sinh Hoa Thiên Cốt, sau đó, nàng sống cùng sư phụ cho dù bị mất hết ký ức lúc trước.
